FORORD 4
CELLE-ORGANELLER 5
    INTRODUKTION 6
    MEMBRANAFGRÆNSEDE ORGANELLER 7
DET CENTRALE DOGME 9
    INTRODUKTION 10
1 DNA OG KROMOSOMER 11
    NUKLEINSYRER 11
        1. Nukleosider versus nukleotider 11
        2. Purin versus pyrimidin 12
        3. Ribose versus deoxyribose 13
        4. Pentosesukker-fosfat backbone (rygrad) 14
        5. Basepar 15
    STRUKTUR AF DNA 16
        1. DNA er komplementær 17
        2. A-, B- og Z-form af DNA 17
        3. Minor og major groove 18
        4. DNA er negativt ladet 19
        5. Nukleofilt angreb 21
        6. Molekylære bindinger 21
    ORGANISATION AF DNA I EUKARYOTE CELLER 24
        1. Kromosomer 24
        2. Kondensering af DNA 26
        3. Nukleosom 27
    STRUKTURER GÆLDENDE I DE EUKARYOTE KROMOSOMER 28
        1. Telomerer 28
        2. Replikationsstartsekvenser 30
        3. Centromeret 30
2 DNA-REPLIKATION, REPAIR OG REKOMBINATION 33
    REPLIKATION AF DNA I EUKARYOTER 33
        1. Initiering 33
        2. Elongering 36
        3. Terminering 37
        DNA replikation og vigtige aktører 39
    PROOFREADING 40
     ‘THE WINDING PROBLEM’ OG DNA TOPOISOMERASER 41
    ’END REPLICATION PROBLEM’ OG TELOMERASE REPLIKATION 43
3 DNA-TRANSSKRIPTION 49
    GENERNES STRUKTUR 49
        Kodende streng (sense strand) vs. skabelon-streng (antisense strand) 49
        DNA består af tre regioner 50
    TRANSSKRIPTION I EUKARYOTER VS. PROKARYOTER 52
    TRANSSKRIPTION I EUKARYOTER 53
        Initiering 53
        Elongering 59
        Terminering 60
        Processering af præ-mRNA 61
4 PROTEINSYNTESE 67
    RNA 67
        1. Ribose vs. deoxyribose 67
        2. DNA og RNA baseparring er forskellig 67
        3. RNA er enkeltstrenget og DNA er dobbeltstrenget 68
    TYPER AF RNA 69
        Messenger-RNA (mRNA) 70
        Ribosomalt RNA (rRNA) 70
        Transfer-RNA (tRNA) 71
        Små nukleære RNA (snRNA) 71
        Små nukleolære RNA (snoRNA) 72
        Regulatorisk RNA 72
    PROTEINSYNTESE 74
        Translation 74
        Den genetiske kode af RNA 75
        Transfer-RNA (tRNA) 79
        Aminoacyl-tRNA syntetaser 80
        Ribosomets opbygning 82
TRANSLATION 83
        1. Initiering 83
        2. Elongering 88
        3. Terminering 91
5 KONTROL AF GENEKSPRESSION 93
    REGULERING AF TRANSSKRIPTION I EUKARYOTER 94
        Regulering af kromatinstrukturen 97
        1. Ændring af histonernes konformation 98
        2. Flytning af histoners position i DNA-molekylet 102
    REGULERING AF TRANSSKRIPTION I PROKARYOTER 103
        Laktose-operonet 104
        Tryptofan-operonet 108
6 DNA-SKADE, MUTATIONER OG REPAIR 109
    DNA-SKADE 109
        1. Spontane ændringer i DNA 109
        2. Udefrakommende påvirkninger af DNA 114
    DNA MUTATIONER 117
        Punktmutationer 117
    REPARATION AF DNA 121
        Mismatch mediated repair (MMR) 121
        Base excision repair (BER) 123
        Nucleotide excision repair (NER) 124
        Reparation af dobbeltstrengsbrud 126
INTRACELLULÆR PROTEINSORTERING 129
7 INTRACELLULÆR PROTEINSORTERING 130
    INTRODUKTION 130
        Generelt om proteiner og proteinsortering 130
        Generelle mekanismer for proteintransport 133
    PROTEINIMPORT TIL NUKLEUS 134
        Ran/GTP- og Ran/GDP-cyklus 137
    PROTEINIMPORT TIL MITOKONDRIER 138
    PROTEINIMPORT TIL PEROXISOMER 140
        Proteiner fra rER til peroxisomer 140
        Proteiner fra cytosol til peroxisomer 141
    PROTEINIMPORT TIL ENDOPLASMATISK RETICULUM (ER) 142
        Proteinimport til ER-lumen (opløselige proteiner) 143
        Proteinimport til ER-membran (transmembrane proteiner) 145
    POST-TRANSLATIONELLE PROTEINMODIFIKATIONER 148
        1. Glykosylering 149
        2. Fosforylering 152
        3. Disulfidbindinger 153
        4. Foldningskontrol og ubiquitinering 154
    VESIKELTRANSPORT 155
    PRINCIPPER BAG VESIKELDANNELSE OG -FUSION 156
    ENDOCYTISK PATHWAY 160
    SEKRETORISK PATHWAY 161
BIOKEMISKE METODER 165
8 BIOKEMISKE METODER 166
    GELELEKTROFORESE 166
    SDS-PAGE 167
    HYBRIDISERINGSTEKNIKKER 169
        Southern blot 169
        Nothern blot 170
        Western blot 170
        In situ hybridisering 170
    CHROMATIN IMMUNOPRECIPITATION (CHIP) 171
    ELECTROPHORETIC MOBILITY-SHIFT ASSAY (EMSA) 174
    FOOTPRINT 176
    POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) 179
    REVERSE TRANSCRIPTION POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR) 182
    SANGER DIDEOXY SEKVENTERING 184
    NEXT GENERATION SEQUENCING (NGS) 188
    PLASMIDER OG KLONING 192
    ENZYME-LINKED IMMUNOSORBENT ASSAY (ELISA) 195
    RADIOIMMUNOASSAY (RIA) 198
    CRISPR/CAS9 201